Asal-usul kata Ambon sendiri tidak dapat ditentukan secara pasti. Namun, yang pasti adalah istilah suku Ambon diambil dari nama Pulau Ambon. Menurut penduduk setempat, kata Ambon atau Ambong dalam bahasa Ambonnya berasal dari kata ombong 'embun' dalam bahasa Ambon. Nama tersebut diperkirakan diberikan karena puncak-puncak gunung di Pulau Ambon sendiri sering kali ditutupi oleh embun.[4]

Pada mulanya, istilah orang Ambon atau Ambonezen dalam bahasa Belanda digunakan untuk merujuk pada orang mestizo yang berasal dari Pulau Ambon. Namun pada perkembangan selanjutnya, istilah tersebut digunakan untuk mengacu pada orang yang berasal dari Seram, Kepulauan Lease, dan pulau-pulau di sekitarnya.[4] Meskipun pada akhirnya istilah orang Ambon merujuk pada suku Ambon, masih sering ditemukan pars pro toto dengan maksud keseluruhan orang Maluku.[1] Hal yang sama terjadi di Belanda, meskipun pada pertengahan 1960-an para simpatisan Republik Maluku Selatan mulai menekankan penggunaan istilah orang Maluku Selatan agar lebih mencakup. Hal tersebut berakhir ditolak oleh Pemerintah Belanda yang mengganti istilah tersebut dengan cukup orang Maluku.[5]